A agroecologia e os sistemas orgânicos de produção desempenham um papel fundamental na promoção da sustentabilidade e da segurança alimentar e nutricional no Paraná, fortalecendo a agricultura familiar, a preservação dos ecossistemas e a geração de renda no meio rural. O Estado do Paraná é atualmente o líder nacional em número de agricultores certificados orgânicos conforme dados do Cadastro Nacional de Produção Orgânica do Ministério da Agricultura e Pecuária, demonstrando a importância da agroecologia em diversas regiões do Estado. Diante desse cenário o IDR-Paraná tem desenvolvido ações continuadas de Assistência Técnica e Extensão Rural (ATER) e de Pesquisa Agropecuária, integrando inovações técnico-científicas a saberes tradicionais para impulsionar a produção limpa e sustentável de alimentos.

O Programa de Agroecologia tem como objetivo promover a transição agroecológica, a consolidação dos sistemas orgânicos e a conservação dos recursos naturais nas propriedades rurais paranaenses. Essas ações buscam qualificar agricultores familiares e profissionais da Rede Paranaense de ATER, estimular as organizações rurais e apoiar a comercialização direta e no acesso aos circuitos curtos como mercados locais, regionais e institucionais, como o Programa de Aquisição de Alimentos (PAA) e o Programa Nacional de Alimentação Escolar (PNAE). 

Entre os principais desafios para a consolidação da agroecologia destacam-se os custos de produção, processos de certificação, o manejo integrado de pragas, doenças e plantas espontâneas, a recuperação da fertilidade do solo e os gargalos na comercialização e logística. Para superar tais limitações, o Programa de Agroecologia incentiva práticas como a produção de bioinsumos para uso próprio, adubação verde, compostagem, acesso a ferramentas metodológicas para conversão como o Sistema de Plantio Direto de Hortaliças (SPDH) e os Sistemas Agroflorestais (SAFs), acesso circuitos curtos de comercialização, manejo conservacionista do solo e da água e promoção de saúde de plantas.

As atividades são conduzidas por equipes técnicas distribuídas em 23 regionais por meio de metodologias participativas de Extensão Rural, incluindo Dias de Campo, Oficinas Práticas, Unidades Demonstrativas (UDs) e de Referência (URs) e intercâmbios entre agricultores. A área de agroecologia promove também a construção participativa do conhecimento através da integração entre Pesquisa e Extensão Rural, além de manter parcerias estratégicas com redes estaduais de agroecologia, universidades, colégios técnicos agropecuários, cooperativas e associações rurais, organizações não governamentais, movimentos sociais e órgãos governamentais.

O IDR - Paraná possui em sua finalidade a promoção da ATER de bases agroecológicas por acreditar na viabilidade da produção orgânica certificada através da conversão de sistemas e também na transição agroecológica como um modelo produtivo viável para garantir a saúde do agricultor familiar e também do consumidor de alimentos orgânicos. O fortalecimento e manutenção do programa de Agroecologia é indispensável para consolidar agroecossistemas resilientes frente às mudanças climáticas bem como atender às crescentes demandas da sociedade por alimentos saudáveis e seguros.